Rana de la picior, prilejuită de o schijă duşmană, în faţa zidurilor Chiliei, i-au provocat lui Ştefan-Vodă cel Mare, din ce în ce mai chinuitoare dureri. Ca urmare, în anul 1504, viteazul Domn al Moldovei se pregătea cu grijă pentru trecerea în lumea veşniciei.
A făcut succinte consideraţii asupra celor patruzeci şi şapte de ani, de când Moldova i-a ieşit înainte cu mitropolit, episcopi, egumeni, boieri, răzeşi şi ţărani, în Câmpul de la Direptate, voindu-l Domn al ţării, ceea ce de fapt a dorit şi el. Ca o minune a Domnului Hristos, a veghea ca numele ţării să fie cinstit de toţi fiii ei, trecând graniţa, de la Caffa Crimeii, până la Roma.
Faţă de aprecierea îndeobşte de care s-a bucurat, Ştefan Vodă a recunoscut că la Războieni şi la Chilia a fost înfrânt. Cât despre Moldova — zicea el — ea a biruit pretutindeni. Cu respect a înşirat el localităţile în care zăceau moşii, pe oasele cărora sta pământul Moldovei, ca pe umeri de uriaşi. Spre a se ridica împotriva primejdiei obşteşti a creştinătăţii, a căutat să unească într-un gând Apusul, dar a rămas la făgăduieli. Zadarnic a căutat apoi să unească Răsăritul. În faţa lui Dumnezeu a mărturisit, că „a stat zid neclintit în faţa păgânilor”, deşi toţi l-au părăsit. „Doamne,- a zis apoi Ştefan-Vodă – osândeşte-mă după păcatele mele!” Şi în fine, a adresat el din suflet îndemnul: „Ţineţi minte cuvintele lui Ştefan… că Moldova n-a fost a moşilor mei, n-a fost a mea, şi nu este a voastră, ci a urmaşilor voştri şi a urmaşilor urmaşilor voştri, în veacul vecilor!” (din „Apus de soare” de Barbu Ştefănescu Delavrancea).
Preocupat intens de trecerea din această viaţă, în ziua de 2 iulie 1504, viteazul domn al Moldovei, om binecredincios, cuminte, iubitor de neam şi ţară, Ştefan-Vodă, a trecut în lumea veşniciei.
În fruntea clerului şi a poporului moldovean, mitropolitul Gheorghe a condus convoiul funebru, cu osemintele lui Ştefan cel Mare, de la Suceava la Putna. În dangătele clopotelor, în plânsetele şi lacrimile poporului, rămăşiţele pământeşti ale lui Ştefan-Vodă au fost aşezate în cripta domnească a mânăstirii Putna (Reli S., Istoria vieţii bisericeşti a Românilor, vol. I, Cernăuţi, 1942, p. 276—277).
Coborât fiind în mormânt, se spune, că timp de trei zile şi trei nopţi, pe mormântul marelui Ştefan-Vodă, a ars o lumină, pe care nimenea n-o aprinsese (Iorga N., Istoria lui Ştefan cel Mare, Bucuresti, 1966, p. 247).
În „La moartea lui Ştefan-Vodă cel Bun”, din cronica sa, Letopiseţul Ţării Moldovei, Grigore Ureche arată că la 47 ani de domnie, Ştefan-Vodă cel Bun, bolnav fiind şi slab, după războaie purtate în toate părţile, osteneală şi neodihnă, cu mare laudă, a murit în scaunul său de la Suceava.
„Om nu mare de stat, întreg în fire, neleneş… unde nu gândeai, acolo îl aflai. La lucruri de războaie meşter, unde era nevoie, însuşi se vâra, ca văzându-l ai săi să nu îndărăpteze şi rar război de nu biruia.
După moartea lui Ştefan-Vodă, feciorul său, Bogdan-Vodă urma lui lause de lucruri vitejeşti; cum se tâmplă, din pom bun roadă bună op să iasă (adică trebuie să iasă)”.
„Cu multă jale de plângere, ţara l-au îngropat pe Ştefan-Vodă la mânăstire, în Putna, care era de dânsul zidită. Atâta jale era, ca după un părinte al său, că s-au scăpat de mult bine şi de multă apărătură. Ce după moartea lui până astăzi îi zic Sfântul Ştefan-Vodă – grăieşte cronicarul G. Ureche (1590-1647) – nu pentru suflet… că el încă au fost om cu păcate, ci după lucrurile lui cele vitejeşti carele nime din domni, nici mai nainte, nici după aceea l-au ajuns.
Au domnit Ştefan-Vodă 47 de ani şi 2 luni şi 3 săptămâni şi au făcut 44 de mânăstiri (si biserici) şi singur ţiitoriu preste toată ţara.
Iară când au fost aproape de săvârşirea sa, chemat-au vlădici şi toţi sfetnicii săi, boierii cei mari şi alţi câţi s-au prilejuit arătându-le cum nu vor putea ţine ţara, cum au ţinut el…”.
Egumeni de la Putna au respectat cu credincioşie îndatorirea de a se ruga pentru sufletul neînfricatului apărător al Ţării. Fără întrerupere, au păstrat nestinsă candela de la căpătâiul lui şi în panegiricele lor i-au lăudat vitejia, dreptatea, iubirea de Dumnezeu, de neam şi de ţară, care s-au înşirat pe fruntea lui Ştefan-Vodă cel Mare şi Sfânt, asemeni unei cununi de mărgăritare.
Ştefan-Vodă a rămas în conştinţa românimii „ ca un om minunat, cum nu mai poate răsări altul. În clipele grele, suspinele şi rugăciunea se suia la dânsul ca la Dumnezeu” (Iorga N., op. cit., p. 244-245).
În caracterizarea domniei lui Ştefan-Vodă n-a venit anume să facă războaie; ele i-au fost impuse şi rare i-au fost cazurile în care nu a biruit.
În caracterizarea domniei lui Ştefan-Vodă, a spus N. Iorga despre marele domnitor al Moldovei că a fost un ziditor de ţară. De fapt a găsit ţara de lemn şi a lăsat-o de piatră.
Ştefan-Vodă n-a venit anume să facă războaie; ele i-au fost impuse şi rare i-au fost cazurile în care nu a biruit.
A fost Ştefan-Vodă un bun creştin, dovedind aceasta prin fapte.
A avut în suflet simţul neamului, fapt confirmat cu întreaga sa fiinţă.
S-a impus ca fiind superior contemporanilor săi de creştinătate, deşi nu s-a înfăţisat lumii cu laurii străluciţilor cezari.
Faţă de turci, nu s-a coborât până a călători la sultanul de curând stăpânitor asupra Bizanţului.
Ştefan-Vodă cel Mare n-a moştenit o luptă pentru cruce, dar a simţit ca o datorie lupta pentru cruce. S-a dovedit a fi un adevărat apărător al creştinătăţii, luând în braţul său ferm sabia de atlet al lui Hristos, lăsată de românul Ioan Huniade.